Osnivanjem Muzeja započelo je i formiranje biblioteke naučnih i stručnih radova, monografija, periodičnih izdanja, separata. Zaposlenici Muzeja su donosili stručnu literaturu, ličnu ili dobijenu na poklon, koja im je trebala za rad, determinaciju, konzervaciju.
Među prvim donatorima stručne literature bila je Crnogorska akademija nauka i umjetnosti (CANU) koja je donirala po jedan primjerak svih svojih izdanja koja se tiču prirodnih nauka.
Značajan doprinos obogaćivanju biblioteke su donacije velikog broja separata naučnih radova iz međunarodnih časopisa, monografija i periodičnih izdanja od strane prof. em. dr Acc. Gordana Karamana i Danijela Vinceka, osnivača botaničke bašte Dulovine u Kolašinu. Gospodin Vincek je svoju biblioteku poklonio kustoskinji Snežani Vuksanović, a ona je zatim poklonila Prirodnjačkom muzeju.
Pošto ni tada, kao ni danas, nemamo zaposlenog bibliotekara, prvo je tu ulogu preuzeo Marko Karaman, tada kustos u Zbirci beskičmenjaka, da bi nakon nekoliko godina i značajnog porasta broja bibliotečkih jedinica, Biljana Jovetić preuzela organizaciju i održavanje biblioteke.
Tokom 2019. godine urađen je popis bibliotečkih jedinica u elektronskoj formi.
Upisano je 824 monografska izdanja; 249 različitih časopisa i periodike sa ukupno 2276 izdatih brojeva, 25 diplomskih, specijalističkih, magistarskih radova i doktorskih disertacija. Ovome treba dodati i 499 separata naučnih radova. Jedan dio starih radova i knjiga je digitalizovan isključivo za internu upotrebu. Snažan zamajac obogaćivanju biblioteke dat je uspostavljanjem razmjene sa drugim institucijama, koja je bazirana na izdavanju naučnog i naučno-popularnog časopisa „Natura Montenegrina“. U zamjenu za naš časopis, redovno dobijamo novoobjavljene brojeve drugih evropskih naučnih časopisa. Biblioteka se kontinuirano obogaćuje i kupovinom naučne i stručne literature u obimu koji nam dozvoljavaju finansije.
Biblioteka još nije javno dostupna, ali zainteresovani mogu potražiti i pregledati na licu mjesta potrebnu literaturu.
