Od 2016. godine kustosi Prirodnjačkog muzeja Crne Gore uključeni su u proces uspostavljanja mreže Natura 2000 područja u Crnoj Gori. NATURA2000 područja su predjeli značajni za biodiverzitet vrsta i staništa. Svaka država koja pristupa Evropskoj uniji, prije čina pristupanja, mora odrediti koja su to N2000 područja na njenoj teritoriji.
Sam proces utvrđivanja koja su to značajna područja obavlja se kroz terenska istraživanja i kartiranja, a na osnovu Direktive o staništima (Habitat Directive) i Direktive o pticama (EU Bird Directive). Istražuje se biodiverzitet različitih grupa biljaka i životinja. I ona područja na kojima se poklapa bogatstvo vrsta različitih grupa (npr. Prokletije su značajne i za faunu sisara, beskičmenjaka, gmizavaca, sadrže neka rijetka biljna staništa, a uz to su i bogata speleološkim objektima) predstavljaju kandidate za N2000 područja. Postoje i izuzeci, kad je neki region značajan kao N2000 područje samo zbog jedne grupe živih bića (npr. nastanjuju ga neke endemske ili vrlo rijetke biljne ili životinjske vrste).
Istraživanjima je pokrivena cijela teritorija Crne Gore. Zbog malog broja istraživača, cijeli proces traje do sad pet godina. Kustosi Prirodnjačkog muzeja angažovani su kao eksperti za inventarizaciju i mapiranje vrsta algi harofita, mahovina, viših biljaka, insekata i ostalih beskičmenjaka, riba, vodozemaca, gmizavaca, ptica i sisara. Pored toga, pojedini kustosi proučavaju tipove staništa, kako sa aspekta biljnog pokrivača tako i u odnosu na bogatstvo speleoloških objekata. Rezultati istraživanja se dostavljaju Agenciji za zaštitu životne sredine Crne Gore.
Na kraju cijelog procesa istraživanja i obrade podataka, odrediće se regioni koje će država Crna Gora proglasiti „NATURA 2000 područja“ i koja će činiti dio evropske mreže N2000 područja. U cijelom ovom procesu, najlakše je proglasiti neko N2000 područje. Međutim, nakon proglašenja, mora mu se omogućiti dugotrajno samoodržanje i zaštita vrsta i staništa na njemu. Zato prilikom odabira područja treba biti pažljiv, treba omogućiti i regionalni razvoj, a ne narušiti prirodnu ravnotežu.
Podaci iz 2017. godine pokazuju da oko 18% teritorije EU čine N2000 područja (27.312 područja na 787.606 km2). Osim kopna, 360.350 km2 morskog područja pripada takođe N2000 mreži.
Dr Marko G. Karaman